Zootropolis 2 vede di nuovo protagonisti la poliziotta Judy Hopps e il suo amico Nick Wilde, che nel film precedente era riuscito a superare l'esame per entrare in polizia. I due agenti dovranno indagare su un nuovo caso, che potrebbe rivelarsi uno dei più ardui e complessi della loro vita. Un misterioso rettile di nome Gary, giunto a Zootropolis, sta mettendo a soqquadro la città dei mammiferi. Ospiti di un party prestigioso dove sarà presentato un libro misterioso, Judy e Nick si trovano a dover impedire che Gary De'Snake lo rubi. Nel tentativo però di fermarlo, vengono erroneamente scambiati per complici di Gary, trovandosi fuggitivi in sua compagnia. Capiscono presto che non è Gary il villain della situazione, anzi cercava il libro perché conterrebbe elementi che risolleverebbero la sua reputazione. Il cattivo è qualcun altro, che per mettere le mani sullo stesso volume non ha esitato in passato a uccidere... e lo farà ancora, se Nick e Judy non salveranno la situazione. L'indagine, però, metterà a dura prova la collaborazione tra i due agenti, come mai accaduto prima d'ora...